feat(pubmed): implementar CopyrightInformation e CoiStatement#1247
Open
Rossi-Luciano wants to merge 1 commit into
Open
feat(pubmed): implementar CopyrightInformation e CoiStatement#1247Rossi-Luciano wants to merge 1 commit into
Rossi-Luciano wants to merge 1 commit into
Conversation
Substitui os stubs vazios de xml_pubmed_copyright_information e xml_pubmed_coi_statement por implementações reais, via xpath direto (sem model dedicado, seguindo o padrão já usado em xml_pubmed_title_reference_list): - CopyrightInformation: .//permissions/copyright-statement - CoiStatement: .//fn[@fn-type="coi-statement"]/p, ignorando o <label> (ex. "Conflito de Interesses"), que é só cabeçalho de seção, não parte do conteúdo do statement. Usa node_plain_text (já usado em article_contribs.py) para extrair o texto sem subtags. Refs scieloorg#1226, scieloorg#1238
3 tasks
Contributor
Author
|
Validado localmente contra a DTD oficial do PubMed (
(O validador linkado na issue-mãe #1226 não serve para este formato — ver comentário em #1226.) |
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.This suggestion is invalid because no changes were made to the code.Suggestions cannot be applied while the pull request is closed.Suggestions cannot be applied while viewing a subset of changes.Only one suggestion per line can be applied in a batch.Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.Applying suggestions on deleted lines is not supported.You must change the existing code in this line in order to create a valid suggestion.Outdated suggestions cannot be applied.This suggestion has been applied or marked resolved.Suggestions cannot be applied from pending reviews.Suggestions cannot be applied on multi-line comments.Suggestions cannot be applied while the pull request is queued to merge.Suggestion cannot be applied right now. Please check back later.
O que esse PR faz?
Substitui os stubs vazios de
xml_pubmed_copyright_informationexml_pubmed_coi_statement(packtools/sps/formats/pubmed.py) por implementações reais:CopyrightInformation: extraído de.//permissions/copyright-statement.CoiStatement: extraído de.//fn[@fn-type="coi-statement"]/p, ignorando o<label>(ex. "Conflito de Interesses"), que é só cabeçalho de seção, não parte do conteúdo do statement em si.Não existe model dedicado para nenhum dos dois campos, então segui o padrão de xpath direto já usado em
xml_pubmed_title_reference_listneste mesmo arquivo, em vez de criar um novo model. Usonode_plain_text(já usado emarticle_contribs.py) para extrair o texto sem subtags.Onde a revisão poderia começar?
packtools/sps/formats/pubmed.py:get_copyright_information,xml_pubmed_copyright_information,get_coi_statement,xml_pubmed_coi_statement.Como este poderia ser testado manualmente?
source .venv/bin/activate && python -m pytest tests/sps/formats/test_pubmed.py -v(50 passed: 46 originais + 4 novos).<fn fn-type="coi-statement">com<label>+<p>):<CopyrightInformation>Copyright © 2023 The Authors</CopyrightInformation>e<CoiStatement>Não há conflito de interesse entre os autores do artigo.</CoiStatement>(sem o texto do<label>).Algum cenário de contexto que queira dar?
Parte da quebra da #1226 em sub-issues. Independente das demais — não depende nem é dependência de nenhuma outra sub-issue em aberto.
Quais são tickets relevantes?
Closes #1238. Relacionado a #1226 (issue-mãe).
Referências
CopyrightInformation (#PCDATA),CoiStatement (%data;)*— https://dtd.nlm.nih.gov/ncbi/pubmed/in/PubMed.dtd<fn fn-type="coi-statement">em<author-notes>